冒険の舞台は、天空に浮かぶ島「スカイロフト」と、雲の下に広がるとされる未知なる地上世界。主人公のリンクはおなじみの剣と盾、そして多彩なアイテムを駆使して、立ちはだかる強敵との戦闘やさまざまな謎に立ち向かい、離ればなれになったゼルダの手がかりを探します。右のJoy-Conは剣に対応し、振る方向や動きに連動してリンクが剣を振ります。左のJoy-Conは盾に対応し、相手の攻撃を防ぐことができます。弓矢を放ったり、バクダンを転がしたりといったアイテムの操作もJoy-Conを使って直感的に行うことができるので、より主人公のリンクと一体になってプレイすることができます。